Am Ufer der Etsch, nur wenige Meter außerhalb des römischen Stadttors Porta dei Leoni errichtete das Veroneser Volk im 5. Jahrhundert eine Kirche zu Ehren der beiden Heiligen Fermo und Rustico. Diese haben hier, der Überlieferung nach, im Jahr 304 den Märtyrertod erlitten.
Zwischen 755 und 759 gelang es dem Bischof von Verona, S. Annone, die Reliquien der beiden Märtyrer von Triest nach Verona zu bringen und in der frühchristlichen Kirche zu bestatten. Zu diesem Zweck ließ er eine “Confessio” errichten; so nannte man die Stätte, an der Märtyrer, eben weil sie sich zu Christus bekannt hatten, verehrt wurden.
Von circa 1065 bis 1143 zerstörten die Benediktiner die frühchristliche Kirche bis auf die Grundmauern. Um die Reliquienbehälter an der Stelle, die S. Annone ausgewählt hatte, zu belassen, bauten sie eine zweistöckige romanische Kirche: In der Unterkirche wurden die Reliquien aufbewahrt, in der Oberkirche die Gottesdienste mit den Gläubigen gefeiert.
Im Jahr 1261 wurde die Kirche San Fermo von den Franziskanern übernommen. Sie bauten die Oberkirche und das davor liegende Atrium in seine heutige Form um. Die Arbeiten konnten um 1350 beendet werden. Im Laufe der Jahrhunderte kamen Altäre, Kapellen und Grabdenkmäler hinzu.
Um die Reliquien der Märtyrer vor den Überschwemmungen der Etsch zu schützen, brachte man den Sarkophag im Jahr 1759 in die Oberkirche. Er fand seinen Platz zusammen mit der Bleiurne und den Reliquien in der Mitte des neuen Hauptaltars. 1807 sahen sich die Franziskaner, infolge der Besetzung durch Napoleons Truppen, gezwungen San Fermo zu verlassen. Der größte Teil des Klosters ging in Staatsbesitz über; das Gotteshaus selbst wurde zur Parochialkirche und dem Diözesanklerus übergeben.
Außenansicht: das Portal, die Sarkophage und die Seitenapsiden. Innenansicht der Oberkirche: Holzdecke mit mehreren Spitzbögen und Fresken aus dem 14. und 15. Jahrhundert, Werke von Turone, Torbido, Stefano und Liberale da Verona, F.Caroto und ein Fresko von Pisanello.
Die romanische Unterkirche ist eine Rarität, da sie vier Schiffe hat; die Oberkirche hingegen ist gotisch.
