Il Complesso Museale più antico del Veneto che ospita collezioni archeologiche, d'arte medievale e moderna e include la Cappella degli Scrovegni. Il complesso è ospitato nei chiostri dell'ex-convento dei frati Eremitani. Comprende il Museo Archeologico, il Museo di Arte Medioevale e Moderna e la Cappella degli Scrovegni.
Il Museo Archeologico è situato al piano terra del complesso conventuale quattrocentesco appartenuto ai frati Eremitani. L’allestimento interno è per gran parte esito del progetto di Franco Albini, noto architetto razionalista cui si deve anche il recupero del chiostro minore, danneggiato dai bombardamenti della seconda guerra mondiale.
Il museo raccoglie ed espone importanti reperti di epoca paleoveneta, pre-romana e romana e ospita una sezione egizia che venne incrementata grazie alle scoperte dell'esploratore padovano Giovan Battista Belzoni (1778-1823). Fondamentale per la conoscenza della storia locale, l'approfondimento dedicato alla via Annia e a Padova romana attraverso i ritrovamenti di corredi funerari, ritratti, statue e oggetti di uso quotidiano.
La ricca pinacoteca conserva opere risalenti al XIII secolo fino ad arrivare ai grandi maestri della pittura italiana del XVIII secolo. Vi è esposto il Crocifisso di Giotto, opera dell'inizio del 1300, che era originariamente collocato sull'altare della Cappella degli Scrovegni. Segue cronologicamente un importante gruppo di dipinti su tavola di Guariento, tra cui gli "Angeli" provenienti dalla Cappella della Reggia Carrarese. Tra i tanti capolavori del Cinquecento, la "Madonna col Bambino" di Boccaccio Boccacini e alcuni dipinti del Veronese; di grande interesse anche la "Cena in casa di Simone" e "La Crocifissione" di Jacopo Tintoretto. Per il Settecento si ricordano in particolare le opere di Giambattista Tiepolo del "San Giuseppe col Bambino", la "Madonna" e il "Cristo nell'orto degli ulivi".
All'interno del Museo, nel piano interrato, sette postazioni multimediali introducono il visitatore alla conoscenza degli affreschi della Cappella e del contesto storico-artistico in cui Giotto ha operato.
