La chiesa di San Marcuola (Ermagora e Fortunato) fu costruita su una piccola isola e fu dedicata a Ermagora, vescovo di Aquileia e al suo diacono Fortunato.
La chiesa fu distrutta nel 1117 da un grave terremoto, seguito da un vasto incendio. Fu riedificata e consacrata nel 1332. Nel 1728, venuta a trovarsi in grave stato di rovina, fu nuovamente riedificata dalle fondamenta.
È così sorta la chiesa attualmente esistente. Giorgio Massari fu l'architetto che ideò il progetto. La facciata principale verso il Canal Grande è rimasta incompiuta. All'interno si possono ammirare opere di Paolo Veneziano, Jacopo Tintoretto, Francesco Migliori, Giovanni Maria Morlaiter, Gaetano Susali.
