La torre, che ancora oggi caratterizza l’edificio, rimanda al periodo comunale, quando Padova era una città d’acque dotata di un porto fluviale commerciale, di mulini e di un'intensa attività commerciali. Alcuni scavi hanno rivelato testimonianze di insediamenti abitativi nella zona che risalgono all'inizio dell'VIII secolo a.C. e di attività produttive legate per lo più alla lavorazione della ceramica. Tra la fine del XII secolo e l’inizio del XIII si conferma la struttura attuale del palazzo nella forma della casa-torre, edificio adatto alla difesa e perfetto per rappresentare il censo della famiglia proprietaria.
I membri degli Zabarella appartenevano alla potente e ristretta cerchia di relazioni costruite dalla Signoria dei Da Carrara, che governò Padova nel XIV secolo, e risiedevano in diverse proprietà immobiliari da loro acquistate. Gli Zabarella mantennero la proprietà per più di quattro secoli, lasciando il palazzo sostanzialmente immutato nella sua articolazione spaziale ma radicalmente trasformato nella facciata.
L'assetto della facciata in chiave neoclassica venne realizzato nei primi anni del XIX secolo ad opera del noto architetto Daniele Danieletti. Nell'Ottocento Giacomo Zabarella, ultimo discendente della famiglia, fa decorare gli interni da Giuseppe Borsato, Giovanni Carlo Bevilacqua e Francesco Hayez.
Il Palazzo, sede della Fondazione Bano, è un centro culturale privato dedicato all’approfondimento ed alla promozione della cultura e dell’arte.
