Popolarmente chiamata Il Bo, la sede storica dell'Università di Padova, ospitò personaggi illustri, come Galileo, Copernico, Papa Sisto IV, Stefan I Bathory (re di Polonia), Ippolito Nievo, Giovanni Battista Morgagni (fondatore dell'anatomia patologica) e William Harvey (che con quanto appreso nel corso dei suoi studi a Padova scoprì la circolazione del sangue).
Il prestigioso ateneo venne realizzato inglobando l'hospitium bovis, un albergo situato accanto ad alcune macellerie e che aveva come insegna un bue.
Lo Studio Padovano nacque nel 1222 da un'aggregazione spontanea di studenti e docenti provenienti da Bologna e che a Padova cercavano maggiori libertà di pensiero. Anticamnete costituito da due università: una per gli studenti che venivano dall'estero (Università degli ultramontani) e una per gli studenti nostrani (Università dei citramontani). Nel 1399 l'ateneo venne invece diviso sulla base delle materie di insegnamento e si costituì l'Università degli artisti (filosofi e medici) e l'Università di Giurisprudenza.
Nella seconda metà del Cinquecento il Bo viene ampliato e trasformato da Andrea Moroni, archietetto molto attivo in città; il corpo principale del Palazzo, con il Cortile Antico a doppio ordine di colonne, prende la forma che oggi conosciamo. Il Cortile è ornato da numerosi stemmi, lì collocati fino alla fine del Seicento per rappresentare le famiglie degli studenti e coloro che occupavano cariche accademiche.
Tra le sale più importanti ci sono il Teatro Anatomico e l’Aula Magna, già nel 1399 parte dell’Hospitium Bovis e assegnata poi ai giuristi (a Galileo, a causa del forte afflusso di studenti alle lezioni, fu consentito di utilizzarla per l’insegnamento). A metà '800 l’Aula fu riservata alle cerimonie: di qui la decorazione del soffitto e la sistemazione da parte dell’architetto e designer Gio Ponti nel 1942.
