Die Villa wurde 1504 von der Familie Querini in Auftrag gegeben, nachdem sie ihren Palazzo in Oriago an die Familie Moro abgegeben hatten. Der gesamte Komplex blieb bis ins 19. Jahrhundert im Besitz der Familie Querini und wechselte anschließend häufig den Eigentümer. 1919 ging sie an Amistà Pietro, der sie 1920 an die Immobilienagentur Arentina veräußerte. Während dieser Zeit wurde die Villa aufgeteilt und der Park wurde halb zerstört und viele dekorative Elemente wurden entfernt. In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts wurde das Gebäude von seinem Mieter Alessandro Dalla Francesca erworben und schließlich veräußerte dessen Witwe es an den Maler und Kunsthistoriker Clauco Benito Tiozzo und dessen Frau Anna de Liberali.
Die Struktur der Villa hat im Laufe der Jahrhunderte verschiedene Veränderungen erfahren, insbesondere im Inneren, und erst während der Restaurierungen in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts wurde versucht, die ursprünglichen Merkmale wiederherzustellen. Die Arbeiten wurden von der Familie Tiozzo mit finanzieller Unterstützung der Vereinigung für die Veneter Villen eingeleitet: Es wurden umfangreiche Maßnahmen zur Entfeuchtung und zur Rekonsolidierung der Mauerstruktur durchgeführt, das Dach wurde repariert, die elektrischen, Wasser- und Heizungsanlagen wurden neu installiert, die Böden, Stuckarbeiten und Fenster wurden rekonstruiert. Die Restaurierung der Wände, der Decken und der Abbruch einiger abgehängter Decken brachte die darunterliegenden originalen Fresken des Portikus, der Zimmer im Westen des Erdgeschosses und der Treppen wieder ans Licht. Die Fresken sind reich an Darstellungen von Heiligen, mythologischen und sakralen Szenen. Tiozzo und einige andere Forscher haben die Hypothese aufgestellt, dass die Werke nach 1527, anlässlich der Heirat von Francesco Querini mit Paola Priuli, entstanden sind und dass ihre Urheberschaft dem Maler Bonifacio de’ Pitati, einem Schüler von Palma il Vecchio, mit wahrscheinlicher Zusammenarbeit von Schiavone, Tintoretto und Bassano zuzuschreiben ist.
