L’edificio fu per secoli sede della "Scuola" (confraternita laicale) dei Flagellanti di Santa Maria dei Battuti ed è adiacente alla chiesa omonima. Sorto nell’Italia centrale nel 1260, il movimento dei Flagellanti si diffuse rapidamente verso nord. L’istituzione della confraternita a Belluno e la redazione della relativa matricola datano al 1310.
Nel 1978 furono acquisiti per primi gli atti del Distretto Militare e successivamente quelli della Prefettura, mentre una gran mole dei versamenti si ebbe nel corso degli anni ’90. Nel 1994 l’Archivio notarile distrettuale ha versato gli atti dei notai di Belluno e provincia rogati a partire dal secolo XV fino all’età napoleonica.
Cospicui trasferimenti si ebbero inoltre dagli Archivi di Stato di Venezia (Podestà e capitanio di Belluno; ASBL - Podestà e capitanio di Belluno, Catasto c.d. napoleonico; Stato civile; Ruoli matricolari del Distretto Militare), Treviso (Confraternite e corporazioni; Livinallongo-Ampezzo) e Trento (Catasto c.d. austriaco, serie K e OC).
L’Archivio ha acquisito altresì alcuni fondi archivistici appartenenti a privati, di notevole interesse per la storia della provincia di Belluno, come quelli delle famiglie Doglioni, Miari e della Banca Prosdocimi. Le ultime acquisizioni (2002) riguardano infine il patrimonio documentario di alcune importanti corporazioni religiose soppresse del Bellunese, proveniente pure dall’Archivio di Stato di Venezia.
