L'originale sezione dedicata alla storia della moneta, rende il Museo Bottacin uno degli Istituti numismatici più prestigiosi d'Europa per organicità e consistenza della collezione. Nel corso degli anni, si è caratterizzato come centro di studi noto in tutto il mondo e si avvale della Biblioteca specializzata tra le più importanti d'Europa.
Sono oltre ventimila i pezzi della collezione numismatica, a partire da esemplari di epoca preromana fino a emissioni repubblicane e imperiali. I pezzi esposti documentano la zecca dei Carraresi, la sigillografia e la medaglistica padovana e il lavoro di Giovanni da Cavino, celebre medaglista attivo a Padova nel Cinquecento. Spicca il ducato d'oro di Francesco I da Carrara, l'unico in possesso di un Istituto pubblico. Seguono la monetazione greca e le emissioni romane, che si collegano alla moneta bizantina, ostrogota, longobarda e araba.
Tra i pezzi più interessanti si segnalano le monete venetiche, che mostrano la produzione monetaria nella Venetia preromana, i rarissimi medaglioni romani degli Imperatori Adriano, Settimo Severo e Massenzio, il tremisse Longobardo di Astolfo e le monete della serie veneziana, una delle più ricche e complete del mondo.
Con la riforma di Carlo Magno, si esamina la vicenda della monetazione medievale italiana fino al Rinascimento. Da un'ampia scelta di esemplari eredi del tallero argenteo e dello scudo d'oro, fino alla carta moneta del Settecento, si giunge all'introduzione del sistema metrico decimale con Napoleone, alla lira italiana e alla moneta corrente, l'Euro.
