Favorita dai Carmelitani, sorse in città una confraternita di laici devoti della Madonna del Monte Carmelo. La sede si trovava al piano superiore, tuttavia, a seguito del crollo del 1491, i frati permutarono i locali e la fraglia venne in possesso di un ambiente con accesso direttamente dal sagrato, mediante una porta ancora visibile nella muratura di facciata.
La Scoletta ha pianta rettangolare, il presbiterio è sopraelevato e tripartito mediante colonne e archi, al centro vi è l'altare del lapicida Andrea Torreselle.
Nella prima metà del XVI secolo le pareti furono affrescate con episodi della Vita di Maria dai pittori padovani Giulio e Domenico Campagnola e Girolamo Tessari. Le caratteristiche stilistiche sono diverse ma rispettano un programma unitario, probabilmente ideato da Giulio Campagnola.
Qualche decennio più tardi, i confratelli decisero di ricavare un atrio antistante l'aula e divisero lo spazio interno con una nuova parete divisoria. Ad affrescare questa nuova superficie fu chiamato Stefano dall'Arzere intorno alla metà del Cinquecento.
L'atrio fu adibito a sacrestia quando l'accesso alla Scoletta fu trasferito sul lato sud, mediante due porte aperte nel 1688.
Nel bombardamento sulla città di Padova del 24 marzo 1944 crollarono il tetto e il soffitto della Scoletta; anche la chiesa e i due chiostri riportarono ingenti danni. A partire dal 1982 si iniziò un restauro che ha permesso anche una lettura storica dei vari interventi succedutisi nei secoli.
