Die älteste Kirche scheint aus dem Jahr 1300 zu stammen, einer Zeit, die mit der Anwesenheit der Cimbern zusammenfällt. In Santa Margherita, in der bereits im Jahr 1000 dokumentierten romanischen Kirche, finden wir die Statue der Heiligen im typischen cimberischen Stil sowie eine ganz besondere Taufe aus Marmor und Holz.
Die alte Gemeinde, die zur Kirche von Santa Margherita gehörte, hieß Costalberto: Das erste Dokument, das davon berichtet, stammt aus dem Jahr 1264. Sicherlich gab es vor 1300 bereits eine Kirche, gebaut von Holzfällern, Köhlern und Hirten deutscher Herkunft, wahrscheinlich Cimbern. In einer um 1534 datierten Pergamenturkunde, die den Verlauf der Flüsse und Bäche in der Gegend von Vicenza beschrieb, wurde zum ersten Mal auch die Kirche S. Margherita erwähnt. Sie findet sich dann auch auf den topografischen Karten Venetien, die von Ignazio Danti zwischen 1580 und 1583 angefertigt wurden. Die Kirche hat einen rechteckigen Grundriss, die Wände sind unten dick und verjüngen sich nach oben, gefertigt aus lokalem Basalt mit magermörtel.
Im Laufe der Jahrhunderte, mit abnehmender Bevölkerung, verlor Santa Margherita den Titel einer Pfarrei und die Gläubigen wurden von der Kirche in Roncà betreut. Um die Jahre 1930/1940 gab es Veränderungen: Die Bevölkerung nahm zu und die verschiedenen Ortsteile des Dorfes baten den Bischof um die Anwesenheit eines Priesters, mit der Möglichkeit, den Titel der Pfarrei für Santa Margherita wiederherzustellen. Der Bischof begann sich somit das Problem zu stellen, einen Priester für das zu finden, was nur eine "Kuratie" war, d.h. eine Kirche, in der ein Priester gelegentlich die Messe feierte.
Im Jahr 1944 geschahen mehrere Ereignisse, die die ersten konkreten Schritte zur Gründung der Pfarrei S. Margherita darstellten: Luigia Costi schenkte dem Bischof für die errichtende Pfarrei Santa Margherita acht Felder und am 27. Mai 1944 sandte der Bischof den Priester in der Person von Don Fabiano Dal Cengio mit der Erlaubnis, Taufen, Kommunionen, Beerdigungen, Hochzeiten und die Segnung der Häuser durchzuführen. Als Don Fabiano 1944 in S. Margherita ankam, sah er, dass es unzureichend war und fand in kurzer Zeit die Mittel, um die beiden Seitenschiffe zu ergänzen, die man noch heute sehen kann. Das Fresko an der rechten Wand zeigt die Heilige, die den Drachen besiegt.
Die Kirche wurde am 20. Juli 1946 eingeweiht und am selben Tag wurde der Grundstein für die neue Kirche von Santa Margherita gesegnet. Am 12. September 1964 wurde die Kirche von Santa Margherita, die zuvor von der Kirche in Roncà unterstützt wurde, wieder zur Pfarrei mit dem ersten wirtschaftlichen Vikars und Pfarrer Dal Cengio Don Fabiano.
