Das älteste heute bekannte Dokument, das die Kirche San Francesco di Montagnana erwähnt, ist eine päpstliche Verfügung an die Franziskaner aus dem Jahr 1350. Einige typische Elemente der romanischen Architektur, die an der Fassade zu finden sind, lassen jedoch darauf schließen, dass das Gebäude deutlich älter ist.
Nach einer Restaurierung in den 1960er Jahren wurden im angrenzenden Kloster eine Gruppe von Klarissinnen aufgenommen, einem Orden, der sich der Klausur widmet. Mit ihrem Eintritt wurde zudem in der Kirche die ewige Anbetung eingeführt.
Im Inneren, über dem Eingangportal, beherbergt eine majestätische Loggia eine Orgel von Callido aus dem 18. Jahrhundert, während in einem Raum entlang des linken Seitenschiffs Fragmente von Fresken aus dem 14. Jahrhundert bewundert werden können. Hinter dem Hauptaltar befindet sich dann, von erheblichem künstlerischen Wert, ein Altarbild mit der Madonna mit Kind und den Heiligen Johannes dem Täufer, Markus, Franziskus und Zeno, das von Palma il Giovane geschaffen wurde.
