Die Ausgrabungen haben insgesamt über 80 Bestattungen zu Tage gefördert, die einzigartig in ihrer Art sind, alle in voller Erde in ovalen Gruben begraben. Die Verstorbenen sitzen zusammengekauert mit dem Rücken an der Wand des Grabes und mit dem Kopf nach Osten gerichtet, gemäß einer für die Bronzezeit typischen Gewohnheit (ca. 3500 v. Chr. bis 1200 v. Chr.) und somit ganz anders als die üblicherweise in dieser römischen Epoche verwendete Bestattungsweise.
Die Grabbeigaben der Nekropole von San Donato, die im Museum ausgestellt sind, bestehen aus Kleidungsstücken, Schmuck und Alltagsgegenständen und fast immer auch aus einer oder mehreren Münzen. In den Frauengräbern sind die Ornamente aus Bronze, Silber und Glas zahlreich und weisen auf den sozialen Status der Verstorbenen hin. Berühmt sind die silbernen Ohringe, die sogenannten „B-Ösen“, die aufgrund ihrer ganz besonderen Form als Symbol des Museums gewählt wurden. Die Bestattungsbeigaben für Männer sind einfacher, mit den berühmten Taschenmessern, die für alltägliche Arbeiten verwendet wurden.
Im Jahr 2001 war der Fund einer besonders bemerkenswerten Bestattung neben den menschlichen Gräbern völlig außergewöhnlich: ein zweijähriger Ochse, wahrscheinlich für ein irgendein propitiatorisches Ritual geopfert und anschließend, zur gleichen Zeit wie die anderen Menschen, mit allen Ehren beigesetzt. Bemerkenswert ist schließlich das beinahe völlige Fehlen von Individuen in jungem Alter, nur zwei von achtzig bisher gefundenen Bestattungen, und die besonderen physischen Merkmale dieser antiken Römer, die besonders stark und robust waren.
