Gli scavi hanno complessivamente messo in luce oltre 80 sepolture, uniche nel loro genere, tutte a inumazione in piena terra in fosse di forma ovale. I defunti sono seduti rannicchiati con la schiena appoggiata alla parete della tomba e con la testa rivolta verso est, secondo una consuetudine tipica dell'età del bronzo (dal 3500 a.C. al 1200 a.C. circa) e dunque assai diversa da quella normalmente utilizzata in questo periodo romano.
I corredi funebri della Necropoli di San Donato esposti nel Museo, sono costituiti da oggetti di abbigliamento, di ornamento e d'uso quotidiano e quasi sempre anche da una o più monete. Nelle tombe femminili gli ornamenti in bronzo, argento e vetro sono numerosi e indicano lo status sociale dei defunti. Famosi sono gli orecchini d'argento cosiddetti "a B" che per la loro particolarissima foggia sono stati scelti come simbolo del Museo. Più semplice il corredo funebre maschile con i famosi coltellini a serramanico usati nei lavori quotidiani.
Nel 2001 del tutto eccezionale è stato il ritrovamento di una sepoltura assai particolare a fianco di quelle umane: un bue, dell'età di due anni, probabilmente sacrificato per un qualche rito propiziatorio e successivamente sepolto, nella stessa epoca degli altri umani, con tutti gli onori. Da sottolineare infine la quasi totale assenza di individui in giovane età, solo due su ottanta sepolture fino ad ora rinvenute, e le particolari caratteristiche fisiche di questi antichi romani particolarmente forti e robusti.
