Das Museo Civico della Laguna Sud ist ein archäologisches und ethnografisches Museum im Lagunengebiet, das im ehemaligen Kloster San Francesco außerhalb der Mauern untergebracht ist. Der erste Bau des Gebäudes stammt aus dem Jahr 1315, während der zweite nach seiner Zerstörung während des Krieges zwischen Venezianern und Genuesen (1378-1381) im Jahr 1434 errichtet wurde. Im Jahr 1806 wurde das Kloster entweiht und nahm von da an verschiedene Funktionen an: 1808 wurde es zu einem militärischen Lager; danach wurde es nach dem Ersten Weltkrieg als Lager für Obst und Gemüse genutzt. In der Nachkriegszeit wurde das Gelände zur Unterkunft für die Evakuierten und schließlich, bis vor wenigen Jahrzehnten, als Garagenanlage für die örtlichen Busse umgebaut. Das Museo Civico ist seit dem 31. Mai 1997 dank des Beitrags der Europäischen Union in Betrieb.
Das Museum erstreckt sich über drei Etagen und sammelt archäologische Funde aus Chioggia, die verschiedenen historischen Epochen angehören. Im obersten Stockwerk wird eine Ausstellung zur Seefahrt und Schiffbau der Region präsentiert, die vom 18. Jahrhundert bis zur Gegenwart reicht.
Das Museum ist mit einem Unterrichtsraum ausgestattet, der für Veranstaltungen und Aktivitäten mit Schulen zur Verfügung steht, und verfügt über einen Konferenzraum. Vom Museum aus gelangen die Besucher auch zum Kreuzgang und zum Garten. Darüber hinaus ist es anlässlich von Sonderausstellungen möglich, auch den Ausstellungsraum zu besuchen, der sich rechts vom Eingang des Museums befindet.