Im Jahre 1385 innerhalb der Stadtmauern wurde San Francesco Kirche erbaut, wenn die alte franziskanische Kirche (San Francesco fuori le mura, Hl. Franziskus außerhalb der Stadtmauern) zerstört wurde, wegen Chioggia Krieges. Neben der Kirche befand sich das Kloster, wo wurden die Franziskaner untergebracht. Im Jahre 1434 wurde nochmal eine neue Kirche außerhalb der Stadtmauern erbaut und die Franziskaner dort umzogen. Seit dem 16. Jahrhundert, das Kloster einige Benediktinerinnen von dem alten Kloster Hl. Katerinas zu Gast hatte. Aus diesem Grund, der Ort wurde „delle Muneghette“ (d.h. kleinen Nonnen) genannt. Jetzt das Kloster ist das Polizeiamt.
Die Kirche verwahrt wichtigen Kunstwerke aus dem 18. Jahrhundert:
-Der S. Francesco d’Assisi in estasi (18. Jahrhundert);
-Der S. Francesco d’Assisi con la croce (17. Jahrhundert). Nach einigen Kritikern wird dieses Werk Van Dyck zugeschrieben.
-Die wertvoll Fresko-Deckenmalerei (Il trionfo della SS. Trinità und Scene della vita di San Francesco e San Benedetto) von Michele Schiavoni, ein Tiepolo-Anhänger.
