La chiesa di San Francesco Vecchio o dentro le mura fu costruita nel 1385 dopo la distruzione durante la guerra di Chioggia della prima Chiesa di San Francesco fuori le mura. Questa splendida chiesa all’interno delle mura della città ospitò i frati minori nel convento attiguo. Tuttavia, i frati ritornarono nell’antico convento francescano dopo la ricostruzione della chiesa esterna alle mura della città, nel 1434. Dal XVI secolo, il complesso conventuale di S. Francesco dentro le mura ospitò le monache benedettine cistercensi. Per questo popolarmente il luogo viene detto “delle Muneghette”. Il convento è attualmente occupato dagli uffici della Polizia di Stato.
All’interno della chiesa si trovano notevoli opere d’arte come i dipinti di “S. Francesco d’Assisi in estasi” del sec. XVIII e di “S. Francesco d’Assisi con la croce” del sec. XVII, attribuita a Van Dyck. Di notevole interesse sono inoltre gli affreschi del soffitto (Il trionfo della SS. Trinità e Scene della vita di San Francesco e San Benedetto) del pittore tiepolesco Michele Schiavoni.
