Ultimo grande edificio sacro risalente al periodo della Serenissima, la Chiesa del Patrocino della Beata Vergine e di San Filippo Neri, comunemente detta "dei Filippini" venne realizzata su disegni di Tommaso Temanza da Giuseppe Canner tra il 1768 e il 1772, grazie alla generosità di Lodovico Alvise Manin, padre dell'ultimo Doge di Venezia (Lodovico Giovanni Manin), che fu podestà di Chioggia nel 1720-21. Il conte Manin appoggiò la presenza dei Padri Filippini a Chioggia, contribuendo all'erezione della Chiesa, del Convento e dell'Oratorio.
All'interno si possono ammirare alcune opere d'arte come:
- l'affresco del soffitto di Giacomo Casa (La Vergine venerata da S. Filippo, 1865), in cui viene ritratto il Conte Manin nell'atto di ammirare il progetto della chiesa presentato dai padri Filippini;
- la pala settecentesca del pittore Francesco Fontebasso (La Visita di Maria a Santa Elisabetta, 1772) nella Cappella della Visitazione;
- la tela di Pase Pace (La lavanda dei piedi, 1600 ca.) in controfacciata.
La chiesa custodisce i resti mortali di Padre Raimondo Calcagno, che si dedicò all'educazione dei ragazzi di Chioggia.
