Nach mehreren Versuchen, einen Sitz in der Stadt zu finden, gelang es den Kapuzinern 1554, sich im Dorf Santa Croce niederzulassen, wo die Nonnen von St. Agatha und St. Cecilia ein großes Haus mit Nebengebäuden und einem großen Gemüsegarten hatten. Hier gründeten sie ein Kloster, das aufgrund der Präsenz der renommierten Universität und der Größe der Stadt der ideale Ort für eine ernsthafte Vorbereitung auf das Studium war.
Es wurden umgehend Kurse zur Vorbereitung von Predigern eingerichtet, und zu den Kursen in dogmatischer Theologie kamen Kurse in Moraltheologie hinzu, hauptsächlich für Beichtväter. Die Brüder widmeten sich auch der Seelsorge im Krankenhaus und in den Gefängnissen. Im Kloster von Santa Croce verrichtete der aus Castelnuovo di Cattaro stammende Pater Leopold Mandić seine wertvolle Arbeit als Beichtvater und geistlicher Begleiter.
Die Kapuzinerkirche wurde am 14. Mai 1944 durch ein Luftbombardement der anglo-amerikanischen Streitkräfte schwer beschädigt, aber die Brüder blieben wie durch ein Wunder unversehrt, wie Pater Leopold prophezeit hatte: Die Statue der Muttergottes wurde gerettet, ebenso wie ihre Beichtzelle, der Ort, an dem Gott seine Barmherzigkeit erwiesen hatte.
Die Zahl der Pilger nahm trotz der Situation nicht ab: „Die Leute kommen zu uns wie früher und mehr als früher...; sie bitten darum, einen Kapuzinerbruder zu sehen, der von Tür zu Tür geht und bettelt, aber vor allem, um ein Wort des Glaubens, des Vertrauens und der Ermutigung zu erhalten”.
