Pieve romanica eretta in epoca longobarda (VII -VIII secolo). La chiesa, il chiostro e la collegiata (XII secolo) sorgono accanto alle residenze dei re Teodorico (VI secolo) e Berengario (IX secolo), delle quali rimane oggi il recinto murario. Tipica è la scansione cromatica di laterizio, ciottoli e pietra tenera. All'interno affreschi del XII secolo e trecenteschi della scuola di Martino e Altichiero.
A seguito del terremoto del 1117, la chiesa venne ricostruita in stile romanico veronese con tufo.
La cripta contiene due antichi sarcofagi: uno del III secolo e l'altro con le salme degli apostoli Simone e Giuda Taddeo (IV-V secolo); lacerti di affreschi (primi anni del XV secolo) della scuola di Altichiero. Il luogo era nell'antichità un’area sepolcrale paleocristiana, sita in corrispondenza di un ex tempio pagano.
La chiesa è dedicata a San Giovanni Battista, che secondo le scritture battezzò Gesù nel fiume Giordano. A San Giovanni in Valle infatti, si praticava il battesimo.
La chiesa è parte dell’itinerario “Rinascere dall’Acqua, Verona Aldilà del fiume” di Verona Minor Hierusalem.
