Il Ponte viene ricordato in documenti medievali a partire dall’XI secolo col nome di Ponte Santo Stefano, denominazione in uso fino al XV secolo dovuta alla vicinanza dell’omonimo convento femminile benedettino, attuale liceo Tito Livio. Fu soltanto nel Cinquecento che, avendo assunto particolare importanza l’attigua chiesa di San Lorenzo soppressa nel 1809 per volontà napoleonica, il ponte prese il nome che ancora oggi lo contraddistingue.
Col tempo interrato, si hanno notizie del ritrovamento del Ponte nel Settecento, ma è solo con gli scavi attuati nel 1938 per restaurare il Palazzo del Bo’ dell’Università di Padova, che venne totalmente riscoperto e oggi, dopo duemila anni di distruzioni e inondazioni, se ne possono ancora ammirare i solidi e antichi resti.
Attualmente il Ponte è raggiungibile attraverso un sottopassaggio vicino al monumento di Antenore, il mitico fondatore di Padova.