La Chiesa fu costruita con dedica alla Vergine Maria quando in Bassano governava la famiglia degli Ezzelini, tra il 1158 e il 1183. Secondo un’antica tradizione fu voluta da Ezzelino II il Balbo, reduce dalla Terrasanta, a soddisfazione di un voto.
Al posto di Piazza Garibaldi ad essa adiacente un tempo c’era il fosso che circondava la cinta muraria della città; come tante chiese dell’epoca fu costruita alle porte della città, per accogliere i pellegrini che giungevano dopo lunghi viaggi, spesso faticosi e pericolosi.
Tra il 1287 e il 1292 fu ceduta ai Frati Minori Conventuali che la dedicarono a San Francesco.
È un edificio romanico-gotico, a croce latina; la facciata ha struttura a capanna; l’agile protiro con archi a tutto sesto è del 1306, nella lunetta sono raffigurati la Madonna, il Bambino, Sant’Antonio e San Francesco, affrescati da Luca Martinelli nel 1613. A destra del protiro un affresco dell’Annunciazione rappresentata secondo l’eresia valentiniana con il Bambino già formato che vola dallo Spirito Santo verso il seno di Maria, realizzato da Battista da Vicenza nei primi decenni del ‘400.
L’interno ad una sola navata con transetto è coperto da capriate e le pareti recano ancora vaghe tracce di affreschi quattrocenteschi. Sull’altare maggiore una copia del Crocifisso ligneo del Guariento, il cui originale è conservato nell’adiacente Museo Civico.