Vincenzo Pojana, che già possedeva una casa in angolo tra contrà Do Rode e Corso Palladio, acquistò l'edificio opposto e nel 1561 chiese di poter unire le due struttre con un arco che scavalcasse contrà Do Rode.
La realizzazione ebbe luogo tra il 1564 e il 1566: i due edifici furono collegati grazie ad un'interessante soluzione che attraversa la contrada sottostante.
La facciata del nuovo palazzo non è simmetrica al piano inferiore (lo si può ancora leggere nonostante gli sventramenti che l'edificio ha subito per l'apertura dei negozi): infatti le due arcate da destra dovevano fungere da ingresso.
Il piano nobile è caratterizzato da sei lesene giganti di ordine corinzio e cinque finestre a tabernacolo ed altre cinque quadrate superiori.
La paternità di Palladio deriva dall'esistenza di un disegno del Maestro riferibile a questa fabbrica e conservato in Gran Bretagna.
In contrà San Tommaso è visibile la sezione cinquecentesca del palazzo che Bonifacio pojana iniziò ad erigere su progetto, secondo l'attribuzione di Bortolan e Rumor (1919), di Andrea Palladio o più probabilmente di Domenico Groppino.
Secondo la ricostruzione storica, i lavori si interruppero con la morte del nobile avvenuta nel 1576 ca.
Nella prima metà del Settecento Francesco Muttoni ideò una nuova fabbrica commissionata dal conte Alessandro Pojana
