Das Geburtsdatum bleibt ein Geheimnis, aber es ist wahrscheinlich, dass das Café Margherita Ende des neunzehnten Jahrhunderts eröffnet wurde. Der Standort war tatsächlich einer der frequentiertesten Orte der Stadt, am „Canton delle busie“, einem Umschlagplatz für Waren, die über den Fluss gelangten, und Sitz der Handelsvermittler.
In der „Historischen, biografischen, künstlerischen und illustrierten Führung von Padua und Umgebung“ des Meneghesso (1926) wird das Lokal als „eleganter und gehobener Abendtreff“ beschrieben.
Seit 1981 ist Ignazio Aggujaro der Besitzer.
Das Lokal wurde renoviert und bietet mit seinen Innenräumen im Winter und den schattigen Tischen in der warmen Jahreszeit in einer der malerischsten Ecken Paduas zu Füßen des gotischen Palazzo della Ragione einen Anziehungspunkt sowohl für Touristen als auch für die Einheimischen und die Studenten der nahegelegenen Universität.