L'attuale chiesa sorse nel 1519 per volere della congregazione dei Servi di Maria sulla precedente Sant'Apollinare (di cui restano oggi testimonianze nel coro e nel presbiterio). Nel 1792 si aggiungono ad essa gli altari provenienti dalla chiesa di San Vitale, non più agibile a causa delle inondazioni dell'Adige.
La parte più interessante della chiesa è sicuramente il Reliquiario, uno dei maggiori d'Europa, che racchiude decine di migliaia di reliquie provenienti da ogni luogo. Nel XIX ospitò le reliquie dei santi gerosolimitani, provenienti da Gerusalemme.
La chiesa è parte dell’itinerario "Rinascere dal Cielo. Tra le note di Mozart e una nave di Santi" di Verona Minor Hierusalem.
