Di origine medievale, l'edificio venne rinnovato nel 1525, quando la nobildonna Costanza de' Rossi acquistò per conto della Confraternita di San Rocco le "case ruinate degli Onara". La fraglia adibì il fabbricato a sede per le riunioni del capitolo e aprì un cantiere artistico dove confluirono le maggiori presenze artistiche padovane della prima metà del XVI secolo. I lavori di rinnovo terminarono nel 1542, anno in cui il vescovo benedì l'Oratorio.
Le pareti della sala inferiore sono splendidamente affrescate con scene che illustrano gli episodi della vita di San Rocco; il finto colonnato, le finestre e gli oculi creano un prezioso effetto di trompe-l'oeil grazie alle quadrature architettoniche sormontate da fregi e decorazioni a grottesche. Il ciclo, che alterna vedute di paesaggi e interni domestici, venne realizzato tra il 1536 e il 1545 da Domenico Campagnola, Girolamo Tessari detto dal Santo, Gualtiero Padovano e Stefano Dall'Arzere, celebri pittori attivi nel territorio e attenti alla lezione veneziana. La sala superiore, non accessibile, è decorata con altri affreschi di Campagnola e da prezioso dossale di Tiziano Minio.
Con l'abolizione delle confraternite in età napoleonica, la scuola passò al demanio e venne acquistato del comune all'inizio del Novecento. L'Oratorio vide due campagne di restauri finalizzate alla valorizzazione, conservazione e analisi dello stato degli affreschi, dei materiali e delle tecniche utilizzati. Oggi l'Oratorio ospita numerose mostre temporanee.
