Villa Bon costituisce una rarità in quanto dotata di una doppia facciata rivolta anche verso il giardino. Sul canale passava, anche effettuando un vero e proprio servizio di collegamento quotidiano tra Venezia e Padova, il Burchiello, un grosso battello ben attrezzato e dotato di ogni comfort, trainato sulle alzaie da cavalli o buoi. Posta sulla Riva destra del naviglio Brenta, è un edificio di pianta cinquecentesca che presenta due facciate, ambedue fruibili con rimandi reciproci.
A costo di infrangere la consuetudine che voleva la facciata principale rivolta al fiume fu scelto di offrire all'ampio giardino il lato più importante della casa, ciò nonostante la facciata lungo il corso d'acqua è marcata da lesene bugnate che ricompaiono al piano terreno della facciata che volge sul parco ed adornate con timpani triangolari di coronamento adottati su entrambe i prospetti.
All'interno, sulle pareti del corridoio che si allunga sulla destra del salone d’ingresso sono conservate delle figurazioni in chiaroscuro di grigio raffiguranti le quattro stagioni, attribuite al Gian Domenico Tiepolo. Altri studiosi, ritengono essere opera del padovano Costantino Cedini. Tutte le stanze, impreziosite con stucchi policromi e pitture di marmorino, rispettano la classica disposizione del palazzo veneziano con salone centrale e quattro vani simmetricamente disposti due per lato.