In tempi lontanissimi, nel luogo ove sorge l'odierno Santuario della Madonna dei Miracoli, c'era una piccola chiesa dedicata a San Pietro in Lamentese, le cui antiche origini si perdono nella storia. La sua presenza è comunque documentata intorno al X secolo, quando il sito ospitava un piccolo monastero di monaci benedettini. Nei secoli successivi cadde in un rovinoso abbandono, durato fino al 1486, quando un'immagine della Vergine dipinta sulla parete sud della chiesa, dopo essere stata sfregiata e oltraggiata, si mosse, segnando l'inizio di un'attività taumaturgica. Questo fatto portò alla costruzione del monastero nel complesso che oggi vediamo. Successivamente, lo stabile venne venduto, diventando residenza estiva dei patrizi veneziani, e la chiesa cadde di nuovo in abbandono.
Nel 1826, dietro insistenza dei fedeli, fu dotata di un cappellano e l'anno successivo poté riprendere le funzioni. Fu avviata un'imponente opera di restauro e la chiesa della Madonna dei Miracoli riprese a pieno titolo la sua funzione di centro devozionale mariano.
Oggi la chiesa, eretta parrocchia nel 1955, è officiata dal clero diocesano; beneficiata di alcuni privilegi papali, celebra la festa annuale, per decreto della Santa Sede, nella quarta domenica dopo Pasqua.
