L’edificio è stato costruito a Pederobba tra il ‘600 e il ‘700, quale residenza di campagna dei Conti d’Onigo, ma anche come centro di controllo del vasto compendio agrario, che gli Onigo possedevano nel trevigiano e che consentì poi l’istituzione ed il funzionamento delle Opere Pie d’Onigo, tutt’ora esistenti. L’edificio nasce dall’aggregazione ottocentesca di edifici di epoca più antica e presentava una bella facciata decorata a “trompe-l’oil”, ora quasi scomparsa.
Nel parco retrostante la villa si trova il sacello di Guglielmo d’Onigo (1808 – 1872), ricordato per la sua partecipazione come patriota alle guerre d’indipendenza. Nel medesimo sacello è sepolta anche la figlia Teodolinda, uccisa nel 1903 da Pietro Bianchet per avergli rifiutato un prestito. A seguito di tale evento nel 1907 la madre Catterina istituì le Opere Pie d’Onigo e fece costruire a nord ovest della Villa dei Conti, l’ospedale intitolato a Guglielmo e Teodolinda d’Onigo, eretto tra il 1904 e il 1906 e inaugurato nel 1910. La Villa fu utilizzata durante la Grande Guerra a scopi logistici e in tale occasione andò perduta gran parte degli arredi e dipinti e dell’archivio storico degli Onigo e le pergamene medievali ivi contenute.