L'immagine del complesso trasmessa dai disegni settecenteschi è storicamente tarda e legata ad altra funzione ben diversa da quella originaria di ospizio per i pellegrini. Il primitivo impianto templare è riconosciuto da vari studiosi contemporanei, ma non inequivocabilmente descritto in atti e documenti; inoltre rimane da stabilire come fu ristrutturato il complesso allorchè passò ai Giovanniti e quali ulteriori trasformazioni ebbe tra il XIV e XVII secolo. L'edificio odierno presenta molti connotati dell'architettura romanica, sia nel sistema costruttivo che negli elementi decorativi utilizzati: è caratterizzato da un'unica navata orientata con asse longitudinale Est-Ovest, ed un portico sviluppato nei lati Sud e Ovest. La facciata laterale a Nord evidenzia le numerose trasformazioni avvenute nel tempo, ed in particolare è possibile notare il segno della porta che immetteva nel cimitero. L'aspetto del tessuto murario fino a circa tre metri di altezza e le maggiori dimensioni dei mattoni impiegati confermano l'appartenenza dell'impianto dell'edificio al XII secolo. L'interno semplice e severo, riporta alla memoria le proporzioni dello spazio architettonico antico: essenziale, avaro di luce solenne, a navata unica che si concludeva con tre absidiole di cui la centrale più ampia, secondo una tipologia architettonica che ricorda modelli antichi ed è presente nell'Italia settentrionale dal VII secolo. La torre campanaria appartiene ad un'altra fase costruttiva, dato che si addossa alla facciata senza connessione strutturale, con un aspetto attuale a facciavista risultante dagli interventi edilizi operati negli anni '60, mentre nel '700 era invece intonacato a marmorino e cocciopesto.
Il portico aggiunto successivamente, sorregge arcate con capitelli di varie forme e materiali, quali la pietra di Aurisina e di Cugnan, “ma segno”, “trachite”. Tra il 1723 e il 1731 venne realizzato un ampliamento sul lato Sud-Est in corrispondenza della porta laterale ora murata: tale intervento fu motivato al fine di proteggere l'ingresso dalle intemperie, permettendo quindi che il percorso delle processioni fosse interamente al coperto; ciò sembrerebbe oggi confermato dalla maggiore lunghezza della luce dell'ultimo arco rispetto agli altri sullo stesso lato, nonché da altri particolari costruttivi.