Il più antico documento oggi conosciuto che cita la chiesa di San Francesco di Montagnana è una concessione papale ai frati minori risalente al 1350. Tuttavia, alcuni elementi tipici del lessico architettonico romanico presenti in facciata possono far presumere che la costruzione sia ben più antica.
Dopo un restauro incorso negli anni '60 del Novecento, furono accolte nell'attiguo monastero un nucleo di suore Clarisse, ordine dedito alla clausura. Col loro ingresso, venne inoltre istituita in chiesa l'adorazione perpetua.
Al suo interno, sopra il portale d'entrata, un maestoso loggiato ospita un organo Callido del Settecento, mentre in un ambiente lungo la navata laterale di sinistra si possono ammirare dei lacerti di affreschi trecenteschi. Dietro l'altare maggiore, di notevole valore artistico è poi una pala con Madonna con Bambino e Santi Giovanni Battista, Marco, Francesco e Zeno realizzata da Palma il Giovane.
