Questo sito ospitò un primo insediamento benedettino, documentato dal 1259. Successivamente la rifondazione religiosa del luogo si deve ai frati minori osservanti intorno al 1483-1486. La chiesa venne consacrata nel 1494.
Il complesso alle origini era di modeste dimensioni. Successivamente venne ampliato: al 1640-1645 risalgono i due chiostri porticati con volta a crociera. Vennero ampliati il corpo a sud e la chiesa e fu sopraelevato il campanile. Nel corso del Settecento la chiesa, che era a due navate, venne ingrandita a nord con un’ulteriore cappella e raggiunse il numero di ben otto altari.
Dopo la soppressione napoleonica del convento (1810), iniziò la progressiva rovina della chiesa (di essa ci rimangono alcune tracce dell’abside con fornice a sesto acuto), dei chiostri e del campanile, crollato, a causa di un fulmine, nel 1936.
Rovinarono pure le numerose opere d’arte tra le quali quelle di Jacopo dal Ponte (1510 c. - 1592), detto il Bassano, e di Felice Cignaroli che un tempo impreziosivano il complesso conventuale: rimangono lacerti di affreschi nelle lunette sotto il portico dei due lati residui del chiostro, raffiguranti episodi biblici e della vita di San Francesco.
