Die naturhistorischen Sammlungen sind historische Sammlungen aus dem 19. und 20. Jahrhundert sowie neuere Sammlungen, die aus Spenden und direkten Erwerbungen des Museums stammen. Die meisten der zoologischen und botanischen Funde haben enge Bezüge zum regionalen und italienischen Territorium, neben einer reduzierten Vertretung europäischer und exotischer Proben. Die mineralogischen und geo-paleontologischen Sammlungen präsentieren sowohl lokale Funde als auch Exponate aus der ganzen Welt mit dem Ziel, die reiche Geodiversität, die unseren Planeten prägt, zu zeigen.
Die naturwissenschaftliche Abteilung bietet einen Weg in die Erdwissenschaften mit Themen wie Astronomie, Mineralogie und Geologie, wobei ein besonderer Schwerpunkt auf der Geologie des Gebiets liegt, und einen Weg in die Lebenswissenschaften, der die verschiedenen Gruppen der Lebewesen nach einem systematischen und ökologischen Leseschlüssel präsentiert.
