Das Museum ist in verschiedene und zahlreiche Räume organisiert, von denen die zwei wichtigsten sind:
Naturwissenschaftliche Abteilung: Geowissenschaften (5 Räume); Lebenswissenschaften (6 Räume)
Archäologische Abteilung: Vorgeschichte, Urgeschichte und alte Veneter (2 Räume); Römische Zeit (2 Räume)
Die archäologischen und naturwissenschaftlichen Pfade occupy einen dauerhaften Ausstellungsraum innerhalb der Barchessa, während sich in der Villa der temporäre Ausstellungsraum befindet, der normalerweise für Konferenzen und außergewöhnliche Ausstellungen genutzt wird, wie das derzeitige “Spazio Agenda Sapiens”.
Im Gebäude befinden sich auch ein Dokumentationszentrum, einige Räume, die als Lehrlabore genutzt werden, Lagerbereiche für Materialien (sowohl archäologische als auch naturwissenschaftliche) und schließlich ein astronomisches Observatorium im Garten.
