L'attuale chiesa fu edificata nel 1771 in un elegante e raffinato stile tardo barocco. Essa, tuttavia, sorge su un preesistente edificio sacro, risalente al XVI secolo. Nel 1502, infatti, si era stabilito a Montagnana un nucleo di monache benedettine, dedite all'educazione delle giovani che venivano altresì ospitate nel convento attiguo alla chiesa.
La tradizione proseguì fino al 1807, quando il convento fu soppresso dal governo napoleonico, per eserere poi sostituito nel 1811 da un Collegio Femminile di Stato. L'istituzione scolastica è attiva ancor oggi, negli anni divenuta Educandato Statale.
La chiesa, spogliata di opere d'arte e arredi liturgici, attualmente non è più adibita al culto; destinata invece ad uso di interesse pubblico, ospita mostre, convegni e spettacoli di vario genere. L'interno, spazioso e ricco di suggestioni luminose, mostra una galleria che corre attorno all'abside, una scala d'onore e un magnifico coro con stalli lignei.
