All’interno, sopra l’altare in pietra bianca e rosso ammonitico veronese, si trova la pala di un artista veneto anonimo risalente al 1600, che raffigura la Madonna con bambino e San Francesco d’Assisi.
Lo stemma che si vede in basso a destra appartiene alla famiglia Santonini. Sulla parete destra è stata collocata un’iscrizione commemorativa che ricorda un antico luogo di culto fondato da San Prosdocimo, distrutto dagli Unni nel 914, riedificato una prima volta nel 1653 e poi nel 1684: si tratta del monastero delle benedettine di S. Maria della Misericordia in Prato della Valle, danneggiato da un’inondazione e soppresso nel corso del 1800.