Il complesso di Santa Margherita degli Eremitani comprende la chiesa e l’ex convento. La prima, costruita tra 1282 e XIV sec., è ad una navata con cappelle absidali laterali. Tomaso da Modena affrescò probabilmente nel 1355-1358 il Ciclo delle Storie di Sant'Orsola, capolavoro della pittura italiana del Trecento. Nel chiostro, nel 1364 venne posta la tomba di Pietro Alighieri, figlio di Dante. Questa fu rovinata profondamente con l'arrivo delle truppe napoleoniche a fine '700, che portarono il complesso, in particolare la chiesa, alla rovina ed a conseguente sconsacrazione. Fortunatamente nel 1883 l’Abate Bailo scoprì gli affreschi di Tomaso da Modena; riuscì a staccarli dalle pareti ed a trasferirli su telai che posizionò nella Chiesa di Santa Caterina, oggi "Sezione Affreschi" dell'omonimo museo.
Gravissimi furono i danni provocati soprattutto all’ex convento dal bombardamento aereo del 1944; seguirono decenni di abbandono, fino al restauro degli anni ‘80 e ‘90.
