Secondo fonti storiche attendibili, le prime memorie della chiesa di Santo Stefano risalgono all'anno 1262.
La chiesa contiene le reliquie del Beato Forziano di Strasburgo, collocate presso l’altare di S. Antonio. Il beato morì mentre si trovava presso il Castel Manduca (via che collega piazza Forziana con via dell’Angelo) e venne quindi sepolto in questi luoghi.
La lapide marmorea posta presso lo stesso altare, come pure la tavoletta plumbea rinvenuta sul corpo del beato, risalgono al 1382, anno di ritrovamento del corpo.
La data di morte, tuttavia, risalirebbe al 1372. La chiesa primitiva venne demolita, ricostruita nella forma attuale e consacrata nel 1746 dal Card. Rezzonico, Vescovo di Padova successivamente assiso al soglio pontificio col nome di Clemente XIII.
Nel corso dell’ 800 vennero eseguiti lavori che interessarono la facciata, la soffittatura del tetto e l’abside.
Il campanile, in stile neoclassico, come la chiesa, fu costruito tra il 1824 e il 1829 su progetto dell’architetto veneziano Antonio Diedo.
L’ultimo restauro risale a fine anni ‘80. All’interno della canonica è custodita una lapide in piombo trovata sulle spoglie attribuibili al beato Forziano.